Было похожее. На входе несколько ПДФ, при операции объединения слетали шрифты. В разных файлах использовалось одно название шрифта, но шрифты отличались(otf, true type) кажется.
Лечение: в спуск кидали файлы без объединения, после препса все нормально вышло. Потом пробовали действие сохранить в ПС-дистилер-ПДФ и уже после объединять, тоже помогло.