Вообще ситуация знакомая по wc7755 (там, напомню, встроенный контроллер, не Fiery, а Xerox-вская разработка). Контроллер сходил с ума от PDF с прозрачностью. Он их печатал, правда, но на границах объектов с прозрачностью были визуальные дефекты, как смещение растра. Сервис-инженер даже решил, что в машине память битая. Оказалось, достаточно было в Акробате сплющить прозрачности. Или да, пересохранить pdf как изображение. Учитывая, что FreeFlow тоже их разработка...
Если кто-то скажет, что это горе-дезигнеры некондиции наваяли - отвечу, что c1070 корректно и почти мгновенно обрабатывает вообще все, что в него засовывали, и те самые файлы тоже.