Есть еще программа USBProtect, отключает автозагрузку и защищает флэшку от последующего заражения записав на нее защищенный файл autorun. Я клиентам без спроса этой программой флэшки защищаю, в следующий раз приходят уже без вирусов.
http://s-melnikov.net. Жаль что NTFS не поддерживается.
И еще если Vista или Семерка стоит то UAC не отключайте, тоже помогает.